在天然水和廢水中，磷幾乎都以各種磷酸鹽的形式存在，它們分別為正磷酸鹽，縮合磷酸鹽(焦磷酸鹽、偏磷酸鹽和多磷酸鹽)和有機結合的磷(如磷脂等)，它們存在于溶液中，腐殖質粒子中或水生生物中，一般天然水中磷酸鹽含量不高。

化肥、冶煉、合成洗滌劑等行業的工業廢水及生活污水中常含有較大量磷。

磷是生物生長必需的元素之一。但水體中磷含量過高，可造成藻類的過程繁殖，直至數量上達到有害的程度，造成湖泊、河流透明度降低，水質變壞。